Zaměstnavatel je povinen projednat předem s odborovou organizací (§ 99):
vše se zřetelem na bezpečnost a ochranu zdraví při práci.
Rovněž pokud se zaměstnavatel rozhodne zavést konto pracovní doby (viz kapitola VIII.3.4), může tak učinit jen na základě ujednání v kolektivní smlouvě. Jen zaměstnavatel, u nějž nepůsobí odborová organizace, může zavést konto pracovní doby vnitřním předpisem (§ 86 odst. 1).
Vyrovnávací období u konta pracovní doby stanoví zaměstnavatel, přičemž nemůže být delší než 26 týdnů po sobě jdoucích. Jen kolektivní smlouva může toto období prodloužit až na 52 týdnů po sobě jdoucích (§ 86 odst. 3).
Rovněž postup podle § 86 odst. 4, tedy započtení práce přesčas odpracované v kontu pracovní doby ve vyrovnávacím období sjednaném v kolektivní smlouvě v rozsahu nejvýše 120 hodin do pracovní doby v bezprostředně následujícím vyrovnávacím období, je vyhrazeno ujednání v kolektivní smlouvě. Tento postup tak nemůže uplatnit zaměstnavatel, u nějž nepůsobí žádná odborová organizace.