Při uzavírání kolektivní smlouvy může dojít ke sporům o uzavření kolektivní smlouvy, později i ke sporům o plnění závazků, ze kterých nevznikají práva jednotlivým zaměstnancům. Tyto spory se řeší nejdříve prostřednictvím zprostředkovatele, a poté buď prostřednictvím rozhodce nebo prostřednictvím stávky či výluky.
Pokud jde o závazky, z nichž vznikají práva jednotlivým zaměstnancům, tyto se uplatňují a vymáhají stejně, jako závazky z pracovní smlouvy, dohody o pracovní činnosti nebo dohody o provedení práce. Uplatňování těchto práv je věcí jednotlivých dotčených zaměstnanců.
Zprostředkovatelem může být kterákoliv osoba (svéprávná fyzická osoba podle práva České republiky nebo právnická osoba, pokud souhlasí s výkonem této funkce), kterou si smluvní strany po dohodě zvolily a která má jejich plnou důvěru a schopnosti k tomu, aby spor vyřešila. Smluvní strany a zprostředkovatel jsou povinni si vzájemně poskytovat požadovanou součinnost.
V případě, že by se strany na zprostředkovateli nedohodly, určí zprostředkovatele na návrh kterékoliv ze smluvních stran Ministerstvo práce a sociálních věcí (v tomto případě musí jít o zprostředkovatele, zapsaného v seznamu zprostředkovatelů, vedeném MPSV). Doručením rozhodnutí o určení zprostředkovatele je řízení před zprostředkovatelem zahájeno. Ve sporu o uzavření kolektivní smlouvy může být tento návrh ministerstvu podán nejdříve po uplynutí 60 dnů od předložení písemného návrhu na uzavření této kolektivní smlouvy.
Zprostředkovatel písemně sdělí smluvním stranám návrh na řešení sporu do 15 dnů ode dne přijetí žádosti nebo ode dne doručení rozhodnutí o určení zprostředkovatele. Smluvní strany se mohou se zprostředkovatelem dohodnout i jinak. Jestliže spor není vyřešen ani do 20 dnů ode dne přijetí žádosti nebo ode dne doručení rozhodnutí o určení zprostředkovatele, považuje se řízení před zprostředkovatelem za neúspěšné. Smluvní strany mohou v tomto případě požádat ministerstvo o určení zprostředkovatele nového. Smluvní strany a zprostředkovatel se mohou dohodnout i na jiné době, než je uvedeno v předcházející části.
Při neúspěšnosti řízení před zprostředkovatelem mohou smluvní strany požádat po dohodě písemně o rozhodnutí ve sporu rozhodce. Přijetím žádosti rozhodcem je řízení před rozhodcem zahájeno. Nedohodnou-li se smluvní strany na rozhodci a jde-li o spor o uzavření kolektivní smlouvy vzniklý na pracovišti, kde je zakázáno stávkovat nebo o spor o plnění závazků z kolektivní smlouvy, určí rozhodce ze seznamu zprostředkovatelů a rozhodců vedeného ministerstvem na návrh kteréhokoliv ze smluvních stran ministerstvo. Doručením rozhodnutí rozhodci je řízení před rozhodcem zahájeno.
Rozhodcem může být svéprávná fyzická osoba podle práva České republiky, pokud je zapsána v seznamu zprostředkovatelů a rozhodců, vedeném MPSV. V témže kolektivním sporu nesmí stejná osoba vystupovat jako zprostředkovatel a rozhodce. Do 15 dnů ode dne zahájení řízení sdělí rozhodce písemně smluvním stranám své rozhodnutí. Doručením rozhodnutí rozhodce smluvním stranám je kolektivní smlouva uzavřena. Pouze proti rozhodnutí rozhodce ve sporu o plnění kolektivní smlouvy lze podat opravný prostředek k soudu.
V případě, že nedojde k uzavření kolektivní smlouvy ani po řízení před zprostředkovatelem a smluvní strany nepožádají o řešení sporu rozhodcem, může být jako krajní prostředek řešení sporu o uzavření kolektivní smlouvy odborovou organizací vyhlášena stávka (částečné nebo úplné přerušení práce zaměstnanci) nebo zaměstnavatelem výluka (částečné nebo úplné zastavení práce zaměstnavatelem). Bližší podmínky a postup při stávce a výluce upravuje zákon o kolektivním vyjednávání.